Regionalna Izba Obrachunkowa w Zielonej Górze prowadzi następujące rejestry
i ewidencje:

- rejestr korespondencji Izby - wchodzącej i wychodzącej
- rejestr skarg i wniosków
- rejestr petycji
- rejestr wniosków i korespondencji w sprawie udostępnienia informacji publicznej
- rejestr kontroli przeprowadzonych przez RIO
- rejestr kontroli przeprowadzonych w RIO (kontrole zewnętrzne)
- rejestr zarządzeń Prezesa Izby
- ewidencję uchwał organów stanowiących j.s.t.
- ewidencję zarządzeń i uchwał organów wykonawczych j.s.t.
- rejestr uchwał Kolegium Izby
- rejestr spraw o naruszenie dyscypliny finansów publicznych
- ewidencję tytułów wykonawczych


Zasady przygotowania oraz obiegu dokumentów w Izbie określa Instrukcja kancelaryjna Izby”.


Archiwum Izby działa na podstawie Instrukcji, która określa organizację i zakres działania archiwum zakładowego Regionalnej Izby Obrachunkowej w Zielonej Górze oraz zasady i tryb postępowania z materiałami archiwalnymi i dokumentacją niearchiwalną powstającą w związku z działalnością Izby.
Instrukcja wprowadzona została Zarządzeniem Nr 5 Prezesa RIO w Zielonej Górze, obowiązuje od 10 września 2015 roku.