Podstawę prawną działalności kontrolnej Regionalnej Izby Obrachunkowej w Zielonej Górze stanowią:
• ustawa z dnia 7 października 1992 roku o regionalnych izbach obrachunkowych (Dz.U.2016.561 t.j. z dnia 2016.04.22),
• rozporządzenie Prezesa Rady Ministrów z dnia 16 lipca 2004 roku w sprawie siedzib i zasięgu terytorialnego regionalnych izb obrachunkowych oraz szczegółowej organizacji izb, liczby członków kolegium i trybu posterowania (Dz.U.2004.167.1747 z dnia 2004.07.27),
• zarządzenie Nr 9 Prezesa Regionalnej Izby Obrachunkowej w Zielonej Górze z dnia 1 października 2014 r. w sprawie regulaminu przeprowadzania kontroli.

Zadania Regionalnej Izby Obrachunkowej z zakresu kontroli wykonuje Wydział Kontroli Gospodarki Finansowej , który przeprowadza kontrole, opracowuje projekt planu kontroli oraz sprawozdanie z działalności kontrolnej. Podstawą działania Wydziału jest roczny plan kontroli uchwalany przez Kolegium Izby. Regionalne Izby Obrachunkowe, zgodnie z art. 1 ust. 2 ustawy o regionalnych izbach obrachunkowych, dokonują kontroli gospodarki finansowej i zamówień publicznych podmiotów samorządowych.

Zakres podmiotowy kontroli obejmuje:
1) jednostki samorządu terytorialnego,
2) związki międzygminne,
3) stowarzyszenia gmin oraz stowarzyszenia gmin i powiatów,
4) związki powiatów,
5) stowarzyszenia powiatów,
6) samorządowe jednostki organizacyjne, w tym samorządowe osoby prawne,
7) inne podmioty, w zakresie wykorzystywania przez nie dotacji przyznawanych z budżetów jednostek samorządu terytorialnego.

Zakres przedmiotowy obejmuje gospodarkę finansową, w tym realizację zobowiązań podatkowych oraz zamówienia publiczne.

Regionalna Izba Obrachunkowa przeprowadza kontrole:
1) kompleksowe, obejmujące gospodarkę finansową jednostek samorządu terytorialnego,
2) problemowe, obejmujące wybrane zagadnienia w jednej lub kilku jednostkach kontrolowanych,
3) doraźne, podejmowane w razie potrzeby (obejmujące również, traktowane jako odrębne zadanie kontrolne, sprawdzenie wykonania wniosków pokontrolnych).

Istotnym zadaniem regionalnej izby obrachunkowej jest przeprowadzenie co najmniej raz na cztery lata kompleksowej kontroli gospodarki finansowej jednostek samorządu terytorialnego. Konieczność podjęcia kontroli kompleksowej wynika wprost z art. 7 ust. 1 ustawy o regionalnych izbach obrachunkowych, w którym ustawodawca nałożył na izbę obowiązek przeprowadzenia takiej kontroli, dodatkowo określając jej częstotliwość – co najmniej raz na cztery lata. Kontrola kompleksowa jest kontrolą najszerszą, gdyż dotyczy całokształtu działalności danej jednostki. Zakres przedmiotowy tej kontroli obejmuje badanie występujących w jednostkach samorządu terytorialnego procesów związanych z gromadzeniem i rozdysponowaniem środków finansowych, w szczególności ustalenia ogólnoorganizacyjne, księgowość i sprawozdawczość budżetową, gospodarkę pieniężną i rozrachunki, wykonanie budżetu, mienie komunalne, zadania zlecone i realizowane w ramach porozumień, jak również rozliczenia finansowe jednostki samorządu terytorialnego z jej jednostkami organizacyjnymi.

Przedmiotem kontroli problemowej są wybrane zagadnienia z zakresu gospodarki finansowej lub zamówień publicznych. Kontrola problemowa może być prowadzona w jednej lub większej liczbie jednostek danego rodzaju. Pozwala ona ocenić pewien wycinek działalności kontrolowanych podmiotów. Ponadto izby podejmują wspólne kontrole problemowe, na podstawie jednolitego programu kontroli, realizowanego w skali kraju (kontrole koordynowane).

Kontrole doraźne przeprowadzane są w razie potrzeby, a decyzję w tym zakresie podejmuje prezes izby.

Ponadto prezes izby może zarządzić sprawdzenie wykonania wniosków pokontrolnych w odrębnej kontroli (kontrola sprawdzająca). Kontrola ta umożliwia zbadanie, czy realizacja wniosków doprowadziła do przywrócenia działań zgodnych z prawem, a także usunięcia stwierdzonych nieprawidłowości oraz usprawnienia działalności danej jednostki. Realizacja wniosków pokontrolnych badana jest również w trakcie pozostałych kontroli, w szczególności kontroli kompleksowej.

Kontrole przeprowadzane są na podstawie kryteriów kontroli określonych w art. 5 ustawy o regionalnych izbach obrachunkowych. Działalność? kontrolna prowadzona jest w oparciu o kryterium zgodności z prawem oraz zgodności dokumentacji ze stanem faktycznym. Tylko kontrola gospodarki finansowej jednostek samorządu terytorialnego w zakresie zadań administracji rządowej, wykonywanych przez te jednostki na podstawie ustaw lub zawieranych porozumień, dokonywana jest także z uwzględnieniem kryterium celowości, rzetelności i gospodarności.

Przepisy prawne stanowiące podstawę działalności Regionalnej Izby Obrachunkowej określają równie? tryb przeprowadzania kontroli .
Inspektorzy kontroli przystępują do wykonywania czynności kontrolnych, przeprowadzanych w siedzibie jednostki kontrolowanej, po okazaniu legitymacji służbowej i imiennego upoważnienia do przeprowadzenia kontroli, określającego nazwę jednostki kontrolowanej oraz zakres i orientacyjny czas trwania kontroli. Upoważnienie do przeprowadzenia kontroli wystawia prezes izby lub jego zastępca. Prezes Izby lub osoba przez niego upoważniona powiadamia o terminie przeprowadzenia kontroli kierownika jednostki kontrolowanej. Czynności kontrolne przeprowadza się w siedzibie jednostki kontrolowanej, a także poza siedzibą, szczególnie gdy wymaga tego badanie zgodności dokumentacji ze stanem faktycznym. Kontrole przeprowadza się dniach i godzinach pracy obowiązujących w jednostce kontrolowanej. Inspektor dokonuje ustaleń kontroli na podstawie dokumentacji gospodarki finansowej i rzeczowej oraz zgromadzonych w toku kontroli finansowej.

Art. 8 ustawy o regionalnych izbach obrachunkowych określa uprawnienia inspektora
w związku z wykonywaną kontrolą. Inspektorzy mają prawo:
1) żądania niezbędnych informacji dotyczących działalności kontrolowanych jednostek,
w szczególności ich gospodarki finansowej z zakresu realizacji budżetu oraz gospodarki finansowej,
2) wstępu na teren i do pomieszczeń jednostek kontrolowanych,
3) wglądu w dokumentację związaną z dysponowaniem środkami pieniężnymi, łącznie
z kontrolą stanu kasy,
4) wglądu w dokumentację związaną z gospodarką środkami rzeczowymi,
5) wglądu w dokumentację związaną z gospodarką finansową kontrolowanej jednostki,
6) zabezpieczania dokumentów lub innych dowodów,
7) wglądu w indywidualną dokumentację podatkową podmiotów ponoszących ciężary publiczne na rzecz jednostek samorządu terytorialnego,
8) dostępu do danych osobowych dotyczących kwalifikacji i uposażenia pracowników samorządowych,
9) sporządzania lub zlecania sporządzenia niezbędnych do kontroli odpisów oraz wyciągów z dokumentów.

Na jednostce kontrolowanej spoczywają obowiązki związane z przeprowadzaną kontrolą,
a należą do nich m.in.:
1) zapewnienie przez kierownika jednostki warunków i środków niezbędnych do sprawnego przeprowadzenia kontroli,
2) udzielanie przez pracowników jednostki wyjaśnień ustnych i pisemnych w sprawach dotyczących przedmiotu kontroli w zakresie wynikającym z powierzonych im czynności służbowych,
3) obowiązki wynikające z realizacji przedstawionych wcześniej uprawnień inspektora kontroli.

Z przeprowadzonej kontroli sporządzany jest protokół kontroli, który podpisują inspektorzy przeprowadzający kontrolę oraz przedstawiciele kontrolowanej jednostki - kierownik jednostki oraz skarbnik (główny księgowy) lub ich zastępcy. Kierownik jednostki kontrolowanej lub jego zastępca może odmówić podpisania protokołu, składając w ciągu 3 dni od daty jego otrzymania pisemne wyjaśnienie co do przyczyn tej odmowy. Uprawnienie takie przysługuje również skarbnikowi (głównemu księgowemu) lub jego zastępcy. Odmowę podpisania protokołu i złożenie wyjaśnień inspektor odnotowuje w protokole.
Odmowa podpisania protokołu nie stanowi przeszkody do podpisania protokołu przez inspektora i realizacji ustaleń kontroli.

Na podstawie wyników kontroli regionalna izba obrachunkowa kieruje do kontrolowanej jednostki wystąpienie pokontrolne, wskazując źródła i przyczyny nieprawidłowości, ich rozmiary, osoby odpowiedzialne oraz wnioski zmierzające do usunięcia nieprawidłowości i usprawnienia badanej działalności. Wystąpienie pokontrolne przekazuje się kontrolowanej jednostce nie później niż w terminie 60 dni od dnia podpisania protokołu kontroli. Kontrolowana jednostka obowiązana jest w terminie 30 dni od dnia doręczenia wystąpienia zawiadomić izbę o wykonaniu wniosków lub o przyczynach ich niewykonania.
Do wniosków zawartych w wystąpieniu pokontrolnym przysługuje prawo zgłoszenia zastrzeżenia do kolegium izby. Zastrzeżenie składa właściwy organ jednostki kontrolowanej w terminie 14 dni od dnia otrzymania wystąpienia pokontrolnego za pośrednictwem prezesa izby. Podstawą zgłoszenia zastrzeżenia może być tylko zarzut naruszenia prawa poprzez błędną jego wykładnię lub niewłaściwe zastosowanie. Kolegium izby może zastrzeżenie oddalić lub uwzględnić.

Na podstawie wyników kontroli kierowane są zawiadomienia o występujących nieprawidłowościach do właściwych organów, m.in. do prokuratury czy rzecznika dyscypliny finansów publicznych. Działalność kontrolna jest również wykorzystywana do sporządzenia raportu o stanie gospodarki finansowej jednostki samorządu terytorialnego, gdy zachodzi konieczność wskazania jej organom powtarzających się nieprawidłowości lub zagrożenia niewykonania ustawowych zadań.

Ustawa o regionalnych izbach obrachunkowych reguluje również kwestię odpowiedzialności karnej - zgodnie z art. 27 kto uchyla się od kontroli, w szczególności przez nieprzedłożenie potrzebnych dla kontroli dokumentów, albo niezgodnie z prawdą informuje o wykonaniu wniosków pokontrolnych, podlega karze grzywny.